宮崎県の神社

創建後幾度か改築が重ねられ、天正十七年（1589）飫肥藩初代藩主伊東祐兵が再興、社領十二石五斗の寄進が続けられ、飫肥藩十一社の内二社、吾田神社、田ノ口神社ともに崇敬が篤かった。「日向地名録」によると、田ノ口大明神、一名火焼ノ宮と称し、本社の東北の田の中にあったものを明治五年合祀した。また手研耳命は、神武天皇と吾平津媛命の間に生まれられた長子であり、命は天皇が宮崎におられたころは、平山の駒山あたりに住まわれたので、駒宮辺りを別府、宮崎を新別府と称した。手研耳命が亡くなられると、吾田の小埼は、今の神社の下を昔から小埼といっており、宮の上の古墳とみるべき地があるのを手研耳命御陵としている。（飫肥伝説録）
明治四十年二月、神饌幣帛料を供進すべき神社に指定される。
昭和九年神武天皇御東遷二千六百年祭に際し、神殿、拝殿ともに改築して宮崎県奉賛会から顕彰され、昭和十五年には、県奉賛会が「神武天皇巡幸伝説地吾田」の石碑を献納、「神武天皇御東遷ニ先立チ宮崎ノ宮ヨリ妃吾平津媛命及皇子達ヲ随ヘ妃ノ御出生地タル此ノ地ニ至リ暫ク御駐輦アラセシト伝フ」と刻されている。